NDKmol - molecular viewer

NDKmol -- Molecular Viewer for Android

== About ==

NDKmol is a molecular viewer for Android. You can view three dimensional structures of proteins, nucleic acids and small molecules. NDKmol supports most of common representations for molecules, such as ribbon, trace, stick, sphere and line. NDKmol also supports symmetry operations; biological assemblies and crystal packing can be displayed. You can search and download structures from RCSB PDB and NCBI Pubchem.

NDKmol has almost same functionality as GLmol, which is written in

WebGL/Javascript and runs on Web browsers. You can try GLmol athttp://webglmol.sourceforge.jp/index-en.html== Features ==

* Read PDB or SDF/MOL file

* Rotate/Translate/Zoom model by finger

* Representations

- Line

- Stick

- Sphere(van der Waals radius)

- Alpha carbon trace

- Ribbon (Thin or Thick)

- Strand

- B factor tube

- Nucleic acid ladder

- Nucleic acid line

- solvent 'stars'

* Smoothing of beta-sheets

* Coloring

- By chain

- By secondary structure(when defined in SHEET/HELIX records)

- By Elements

- Gradation (a.k.a chainbow)

- B factor

- polar/nonpolar

* Crystallography

- Display unit cell

- Show crystal packing (when defined in REMARK section)

- Display biological assembly (when defined in REMARK section)

== How to Use ==

When launched, NDKmol automatically loads Porin (PDBID: 2POR) as an example. You can rotate the molecule by your finger.

To zoom or translate the molecule, press MENU button in your phone/tablet and select the mode. Two-finger gestures are also supported.

Everything else can be done from the MENU.

To load other PDB files, please put the file in "PDB" directory of the SD card and select "Open" command in the MENU. You can also download structures directly from RCSB PDB and NCBI PubChem web server. Select "Search and Download" in the menu.

== Contact ==

Project website is located athttp://webglmol.sourceforge.jp/. You can get source codes for this program from here.

Comments and suggestions are welcome athttp://sourceforge.jp/projects/webglmol/forums/orbiochem_fan@users.sourceforge.jp=== LICENSE notice ===

NDKmol itself is licensed under GNU Lesser General Public License as follows.

However, PDB files included as examples are under DIFFERENT conditions.

Please consulthttp://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/pdb_advisory.html-------------

NDKmol - Molecular Viewer for Android

(C) Copyright 2011, biochem_fan

This program is free software: you can redistribute it and/or modify

it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by

the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or

(at your option) any later version.

This program is distributed in the hope that it will be useful,

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of

MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the

GNU Lesser General Public License for more details.

You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License

along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.NDKmol - 안드로이드에 대한 분자 뷰어

== == 소개

NDKmol은 안드로이드에 대한 분자 뷰어입니다. 당신은 단백질, 핵산 및 작은 분자의 3 차원 구조를 볼 수 있습니다. NDKmol는 리본, 추적, 스틱, 구와 라인으로 분자에 대한 일반적인 표현의 대부분을 지원합니다. NDKmol는 대칭 작업을 지원하며, 생물학적 어셈블리와 크리스탈 포장이 표시 될 수 있습니다. 당신은 RCSB PDB 및 NCBI Pubchem에서 구조를 검색하고 다운로드 할 수 있습니다.

NDKmol로 작성된됩니다 GLmol와 거의 동일한 기능을 가지고 있습니다

WebGL을 / 자바 스크립트와 웹 브라우저에서 실행됩니다. 당신은http://webglmol.sourceforge.jp/index-en.html에서 GLmol을 시도 할 수 있습니다

== 특징 ==

* 읽기 PDB 또는 SDF / MOL 파일

손가락으로 * 회전 / 번역 / 줌 모델

* 표현

    - 라인

    - 스틱

    - 구 (반 데르 발스 반지름)

    - 알파 탄소 추적

    - 리본 (얇은 또는 두꺼운)

    - 스트랜드

    - B 계수 관

    - 핵산 사다리

    - 핵산 라인

    - 용제 '별'

* 베타 - 시트의 스무딩

* 색칠

    - 체인에 의해

    - 이차 구조 (시트 / HELIX 기록에 정의 된 경우)에 의해

    - 요소로

    - 그라데이션 (a.k.a chainbow)

    - B 계수

    - 비극성 / 극성

* 결정학

    - 표시 단위 셀

    - 표시 크리스탈 포장 (비고 섹션에 정의 된 경우)

    - (비고 섹션에 정의 된 경우) 생물학적 어셈블리를 표시

== ==를 사용하는 방법

예를 들어 : 시작하면, NDKmol가 자동 포린을 (2POR PDBID)로드합니다. 당신은 당신의 손가락에 의해 분자를 회전 할 수 있습니다.

분자를 확대 또는 번역, 휴대 전화 / 타블렛의 메뉴 버튼을 눌러 모드를 선택합니다. 두 손가락 제스처도 지원됩니다.

그 밖의 모든 메뉴에서 수행 할 수 있습니다.

다른 PDB 파일을로드하려면 SD 카드의 "PDB"디렉토리에 파일을 넣고 메뉴에서 "열기"명령을 선택하십시오. 당신은 또한 RCSB PDB 및 NCBI PubChem 웹 서버에서 직접 구조물을 다운로드 할 수 있습니다. 메뉴에서 "검색 및 다운로드"를 선택합니다.

== == 문의

프로젝트 웹 사이트는http://webglmol.sourceforge.jp/에있습니다. 여기에서이 프로그램의 소스 코드를 얻을 수 있습니다.

의견과 제안에 환영http://sourceforge.jp/projects/webglmol/forums/또는biochem_fan@users.sourceforge.jp=== 라이센스 고지 ===

NDKmol 자체는 다음과 GNU 약소 일반 공중 사용 허가서 하에서 허가 된입니다.

예는 서로 다른 조건 하에서 그러나, PDB 파일이 포함되어 있습니다.

참조하십시오http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/pdb_advisory.html-------------

NDKmol - 안드로이드에 대한 분자 뷰어

     (C) 저작권 2011 biochem_fan

     이 프로그램은 자유 소프트웨어입니다 : 당신은 그것을 재배포 및 / 또는 수정할 수 있습니다

     그것은 GNU 약소 일반 공중 사용 허가서의 조건에 따라이 공표 한

     자유 소프트웨어 재단, 라이센스의 두 버전 3,

     (당신의 선택권에) 모든 상위 버전 하에서 사용 가능합니다.

     이 프로그램은 유용하게 사용될 수 있으리라는 희망에서 배포되고

     그러나 어떤 보증도, 묵시적 보증도없이

     상품성 또는 특정 목적에 대한 적합성. 를 참조하십시오

     자세한 내용은 GNU 약소 일반 공중 사용 허가서.

     당신은 GNU 약소 일반 공중 사용 허가서의 사본을 받으셨을 것

     이 프로그램과 함께. 그렇지 않은 경우, <http://www.gnu.org/licenses/>를 참조하십시오.